SARS-Cov-2 RNA li ser maddeya parçebûyî ya Bergamo li bakurê Italytalya hate dîtin: Yekem delîlên pêşîn

Sendroma tîrêjê ya giran a ku wekî nexweşiya COVID-19 tê zanîn - ji ber vîrûsa SARS-CoV-2 - tê nasîn ku bi dilopên nefesê û têkiliyên nêzîk belav dibe.[1]Barê COVID-19 li Lombardy û Po Valley (Bakurê Italytalya) pir giran bû, [2] deverek ku bi giranbûna zêde ya kerpîçan tê diyar kirin, ku jixwe tê zanîn ku bandorên neyînî li ser tenduristiya mirovan çêdike.[3]Hêjmarên herêmî yên ku ji bo Italytalya di dîroka 12-ê Avrêlê de peyda dibin destnîşan dikin ku nêzîkê 30% ji mirovên nuha erênî hîn jî li Lombardyayê dijîn (heke ji sedî 40% heke dozên giştî yên ku ji destpêka serhildanê ve hatine piştrast kirin werin hesibandin), li pey Emilia Romagna (13.5%). , Piedmont (10,5%), û Veneto (10%).[2]Van çar herêmên Geliyê Po 80% ji mirinên giştî yên ku li Italytalyayê hatine tomar kirin û 65% ji pejirandinên Yekîneyên Lênihêrîna Zêrîn pêk tînin.[2]

Lêkolînek ku ji hêla Dibistana Tenduristiya Giştî ya Harvardê ve hatî çêkirin xuya dike ku têkiliyek di navbera zêdebûna giraniya PM û rêjeya mirinê de ji ber COVID-19 li Dewletên Yekbûyî piştrast dike[4] Di danûstendinên berê de, me hîpotez kir ku SARS-CoV-2 Vîrus dikare di dema belavbûna enfeksiyonê de li ser maddeya perçebûyî (PM) hebe, [5,6] bi delîlên berê
ji bo vîrusên din peyda dibe.[7-15] Lêbelê, mijara mîkrobioma bi PM-ya hewayê ve girêdayî ye, nemaze li hawîrdorên bajarî, bi giranî di binê lêkolînê de dimîne, [16] û - heya niha - hîna jî kesî lêkolînên ezmûnî yên bi taybetî armanc nekiriye. di pejirandin an jî derxistina hebûna SARS-CoV-2 li ser PM.
Li vir, em encamên yekem ên analîzên ku me li ser 34 nimûneyên PM10 yên PM10 ên derve/hewayî yên ji cîhek pîşesazî ya parêzgeha Bergamo, ku bi du nimûneyên hewayê yên cihêreng di heyamek 3-hefteyî ya domdar de, ji 21ê Sibatê heya Adarê, hatine berhev kirin, pêşkêş dikin. 13.
Li dû rêbaza ku ji hêla Pan et al.di sala 2019-an de (ji bo berhevkirin, mezinbûna perçeyan û tespîtkirina vîrusên hewayê), [17] Nimûneyên PM-ê li ser parzûnên fîberê quartz bi karanîna nimûneya hewayê ya gravîmetrî ya kêm-volim (38,3 l/min ji bo 23 demjimêran), li gorî rêbaza referansê EN12341 hatin berhev kirin. :2014 ji bo çavdêriya PM10.Parçeyên bi 99,9% tîpî li ser parzûnan hatin girtinRagirtina aerosolê, bi rêkûpêk hilanîn û radestî laboratûara Genomîka Serlêdan û Berawirdî ya Zanîngeha Trieste.Ji ber xwezaya "hawirdorî" ya nimûneyê, ku tê texmîn kirin ku ji hêla astengkerên ADN polymerases ve dewlemend e, me bi derxistina RNA-yê bi karanîna kîta mîkrobên axê ya fekalê ya Quick RNA ku li gorî celebê parzûnan hatî adaptekirin, dest pê kir.[18]Nîv parzûn hate gêr kirin, bi aliyê jorîn ber bi hundir ve,di lûleyek polîpropîlenê ya 5 ml de, digel kulîlkên ku di kîtê de têne peyda kirin.Ji 1 ml ya destpêkê ya lîzbufferê, me karîbû bi qasî 400 ul çareseriyê bi dest bixin, ku dûv re wekî ku ji hêla protokolên standard ve hatî destnîşan kirin hate hilberandin, û di encamê de 15 ul elûtek dawîn derket.Dûv re, 5 ul ji bo ceribandina SARS-CoV-2 hate bikar anîn.Ji ber koka taybetî ya nimûneyê, qScript XLT 1-Step RT-qPCR ToughMix hate bikar anîn.[19]Pergalên amplifikasyonê yên protokola ku ji hêla Corman et al ve hatî pêşve xistin bûn, ku li ser malpera WHO hate weşandin [20].
Test bi eşkere armanc bû ku hebûna SARS-CoV-2 RNA ya li ser maddeya parçeyî piştrast bike an jê derxe.Analîza yekem "gene E" wekî nîşankerek molekulî bikar anî û li ser 15 ji 16 parzûnan encamek erênî ya berbiçav derxist, her çend, wekî ku em li bendê bûn, Ct di navbera 36-38 dewreyan de be.
Piştî wê, me analîza li ser 6 ji parzûnên erênî (jixwe ji "gena E" re erênî ye) dubare kir bi karanîna "genê RtDR" wekî nîşankerek molekular - ku ji bo SARS-CoV-2 pir taybet e - gihîştiye 5 encamên girîng. ya erênî;testên kontrolê yên ji bo derxistina erênîbûna derewîn jî bi serfirazî hatin kirin (Hêjîrê 1).
Ji bo ku maddeya nimûneyê ya kêm a berdest nemîne, RNAyên mayî yên ku hatine derxistin radestî Nexweşxaneya Zanîngehê ya herêmî (yek ji navendên klînîkî yên ku ji hêla Hikûmeta Italiantalî ve ji bo ceribandinên teşhîskirina SARS-CoV-2 ve hatine destûr kirin), ji bo ku duyemîn pêk bînin. testa kor paralel.Vê laboratûara klînîkî ya duyemîn 34 derxistina RNA ji bo genên E, N û RdRP ceriband, 7 encamên erênî ji bo herî kêm yek ji sê genên nîşanker rapor kir, bi erênî ji bo her sê nîşankeran veqetandî hate piştrast kirin (Hêjî. 2).Ji ber xwezaya nimûneyê, û ji ber ku nimûne ne ji bo mebestên teşhîskirina klînîkî, lê ji bo ceribandinên qirêjiya jîngehê hatiye kirin (her weha tê hesibandin ku parzûn bi kêmî ve çar hefte berî ku analîzên genetîkî yên molekulî werin hilanîn, wekîEncama girtina Italiantalî), em dikarin piştrast bikin ku hebûna RNAya vîrusê ya SARS-CoV-2 bi maqûl nîşan daye bi tespîtkirina "genê RtDR" ya pir taybetî li ser 8 parzûnan.Lêbelê, ji ber nebûna materyalên zêde ji parzûnan, me nekarî bi têra xwe hejmarek ceribandinan dubare bikin ku ji bo her 3 nîşankerên molekulî bi hevdemî erênî nîşan bidin.
Ev yekem delîla pêşîn e ku SARS-CoV-2 RNA dikare li ser pîçên li derve hebe, bi vî rengî destnîşan dike ku, di şert û mercên aramiya atmosferê û giraniya zêde ya PM-ê de, SARS-CoV-2 dikare komikên bi PM-ya li derve û - ji hêla kêmkirina rêjeya belavbûna wan - domdariya vîrusê di atmosferê de zêde dike.Piştrastkirinên din ên vê pêşîndelîl berdewam in, û pêdivî ye ku nirxandina di wextê rast de di derbarê zindîbûna SARS-CoV-2 û her weha ziravbûna wê de dema ku li ser maddeya parçeyî tê vegirtin.Heya nuha, di derbarê pêwendiya di navbera hebûna vîrusê ya li ser PM û pêşkeftina derûdora COVID-19 de ti texmîn nayên çêkirin.Pirsgirêkên din ên ku bi taybetî têne çareser kirin ev in ku di dawiyê de hûrgelên navîn ên PM-ê neji bo potansiyela "bandora zêde" ya enfeksiyonê (heke were pejirandin ku PM dibe ku ji bo navokên dilopên vîrusê wekî "hilgir" tevbigere), an jî tewra îhtîmala teorîk a vakslêdanê ya ku ji ber vegirtina dozek hindiktirîn a li bendên jêrîn ên PM-ê hewce dike. .

Fig.1 Kûçikên zêdekirina genên E (A) û RdRP (B): xêzên kesk parzûnên ceribandî temsîl dikin;xetên xaçêderxistina parzûna referansê temsîl dike;xetên sor zêdekirina nimûneyên erênî nîşan dide.
Fig.1

Fig.2.Encamên erênî (bi X nîşankirî) ji bo genên E, N û RdRP ku ji bo hemî nimûneyên 34 PM10 hatine wergirtin.Parzûnên ku di analîzên paralel ên duyemîn de hatine ceribandin.
Fig.2Leonardo Setti1, Fabrizio Passarini2, Gianluigi De Gennaro3, Pierluigi Barbieri4, Maria Grazia Perrone5, Massimo Borelli6, Jolanda Palmisani3, Alessia Di Gilio3, Valentina Torboli6, Alberto Pallavicini6, Maurizio Prisco Michelle8, Maurizio Ruscio7,
1. Beşa Kîmya Pîşesazî, Zanîngeha Bologna, Viale del Risorgimento - 4, I-40136, Bologna, Îtalya
e-mail: leonardo.setti@unibo.it
2. Navenda Navberî ya Lêkolînên Pîşesaziyê "Çavkaniyên nûjenkirî, jîngeh, mezinbûna şîn, enerjî",
University of Bologna, Rimini, Italy e-mail: fabrizio.passarini@unibo.it
3. Beşa Biyolojî, Zanîngeha "Aldo Moro" ya Bari, Bari, Îtalya
e-mail: gianluigi.degennaro@uniba.it; alessia.digilio@uniba.it; jolanda.palmisani@uniba.it
4. Beşa Zanistên Kîmyayî û Dermansaziyê, Zanîngeha Trieste, Trieste, Îtalya
e-mail: barbierp@units.it
5. Dabeşa Lêkolînê ya Jîngehê, TCR TECORA, Milan, Îtalya
e-mail: mariagrazia.perrone@tcrtecora.com
6. Beşa Zanistên Jiyanê - Zanîngeha Trieste, Trieste, Îtalya
e-mail: borelli@units.it; torboli@units.it; pallavic@units.it
7. Dabeşa Dermanê Laboratory, Nexweşxaneya Zanîngehê Giuliano Isontina (ASU GI), Trieste, Îtalya
email: maurizio.ruscio@asugi.sanita.fvg.it
8. Civaka Îtalî ya Dermanê Jîngehê (SIMA), Milan, Îtalya
e-mail: priscofreedom@hotmail.com; alessandro.miani@unimi.it
9. Beşa Zanistiya Jîngehê û Poicy, Zanîngeha Milan, Milan, Îtalya
e-mail: priscofreedom@hotmail.com; alessandro.miani@unimi.it
Niviskarê berpirsîyar:
Leonardo Setti, Department of Industrial Chemistry, University of Bologna Viale del Risorgimento 4, 40136, Bologna, Italy; e-mail: leonardo.setti@unibo.it

Çavkanî
1. Rêxistina Tenduristiyê ya Cîhanê, Rêbazên veguheztina vîrusê ku dibe sedema COVID-19: encamên ji bo pêşniyarên tedbîrên IPC, Kurteya zanistî;li ser heye: https://www.who.int/newsroom/commentaries/detail/modes-of-transmission-of-virus-causing-covid-19-implications-for-ipcprecaution-recommendations (29 Adar 2020)
2. Wezareta Tenduristiyê ya Îtalyayê, bultena rojane Derketina Covid-19 li Îtalyayê, li ser http://www.salute.gov.it/imgs/C_17_notizie_4451_0_file.pdf heye.
3. EEA, Ajansa Jîngehê ya Ewropî, Rapora Kalîteya Hewayê li Ewropayê 2019;No 10/2019;Ajansa Jîngehê ya Ewropî: Kopenhag, Danîmarka, li ser heye: https://www.eea.europa.eu/publications/airquality-in-europe-2019
4. Xiao Wu, Rachel C. Nethery, M. Benjamin Sabath, Danielle Braun, Francesca Dominici, Berfirehbûna hewayê û mirina COVID-19 li Dewletên Yekbûyî, li ser heye: https://projects.iq.harvard.edu/ files/covid-pm/files/pm_and_covid_mortality.pdf
5. Civata Dermanê Jîngehê ya Italiantalî (SIMA), Position Paper Matter Particulate and COVID-19,
li ser heye: http://www.simaonlus.it/wpsima/wp-content/uploads/2020/03/COVID_19_positionpaper_ENG.pdf
6. Setti L., Passarini F., De Gennaro G., Barbieri P., Perrone MG, Piazzalunga A., Borelli M., Palmisani J., Di Gilio A., Piscitelli P, Miani A., Roleke maqûl heye? ji bo Parçeyên Di belavbûna COVID-19 li Bakurê Italytalya?, BMJ Rapid Responses, 8-ê Avrêl 2020, li ser peyda dibe: https://www.bmj.com/content/368/bmj.m1103/rapid-responses
7. Sedlmaier, N., Hoppenheidt, K., Krist, H., Lehmann, S., Lang, H., Buttner, M. Nifşa virusa înfluensa balindeyan (AIV) girêbayên hûrik ên fekal ên qirêj (PM2.5): tespîtkirina genom û enfeksiyonê û hesabkirina betalbûnê.Microbiology Veterinary.139, 156-164 (2009)
8. Zhao, Y., Richardson, B., Takle, E., Chai, L., Schmitt, D., Win, H. Veguhestina hewayê dibe ku di belavbûna 2015-an de derketinên grîpa hewayê ya pir patojenîk li herêmê rolek lîstin. Dewletên Yekbûyî.Sci Rep. 9, 11755. https://doi.org/10.1038/s41598-019-47788-z (2019)
9. Ma, Y., Zhou, J., Yang, S., Zhao, Y., Zheng, X. Nirxandina ji bo bandora bûyerên tozê li ser bûyera sorikê li rojavayê Chinaînê.Jîngeha Atmosferê.157, 1-9 (2017)
10. Sorensen, JH, Mackay, DKJ, Jensen, C. Ø., Donaldson, AI Modelek yekbûyî ya ku pêşbîniya belavbûna atmosferê ya virusa nexweşiya ling û dev Epidemiol dike.Infect., 124, 577-590 (2000)
11. Glostera, J., Alexandersen, S. Rêvebirên Nû: Veguhastina hewayê ya Vîrûsa Nexweşiya Pê û Devî Jîngeha Atmosferîk, 38 (3), 503-505 (2004)
12. Reche, I., D'Orta, G., Mladenov, N., Winget, DM, Suttle, CA Rêjeyên rûxandina vîrus û bakteriyan li jor qata sînorê atmosferê.Kovara ISME.12, 1154-1162 (2018)
13. Qin, N., Liang, P., Wu, C., Wang, G., Xu, Q., Xiong, X., Wang, T., Zolfo, M., Segata, N., Qin, H ., Knight, R., Gilbert, JA, Zhu, TF Lêkolîna dirêjî ya mîkrobiomê ya ku li megabajarekê bi maddeya parçebûyî re têkildar e.Biyolojiya Genome.21, 55 (2020)
14. Zhao, Y., Richardson, B., Takle, E., Chai, L., Schmitt, D., Win, H. Veguheztina hewayê dibe ku hebe
rolek di belavbûna 2015-an de derketinên grîpa hewayê ya pir patojenîk li Dewletên Yekbûyî lîst.Sci
Rep. 9, 11755. https://doi.org/10.1038/s41598-019-47788-z (2019)
15. Ma, Y., Zhou, J., Yang, S., Zhao, Y., Zheng, X. Nirxandina ji bo bandora bûyerên tozê li ser bûyera sorikê li rojavayê Çînê.Jîngeha Atmosferê.157, 1-9 (2017)
16. Jiang, W., Laing, P., Wang, B., Fang, J., Lang, J., Tian, ​​G., Jiang, J., Zhu, TF Derxistina DNA ya optîmîzekirî û rêzgirtina metagenomîk a civakên mîkrobial ên hewayê .Nat.Protoc.10, 768-779 (2015)
17. Pan, M., Lednicky, JA, Wu, C.-Y., Berhevkirin, mezinbûn û tespîtkirina vîrusên hewayê.Journal of Applied Microbiology, 127, 1596-1611 (2019)
18. Zymoresearch Ldt, danasîna hilberê, li ser heye: https://www.zymoresearch.com/products/quick-rnafecal-soil-microbe microprep-kit
19. Quantabio Ltd, danasîna hilberê, li ser heye: https://www.quantabio.com/qscript-xlt-1-steprt-qpcr-toughmix
20. Corman, VM, Landt, O., Kaiser, M., Molenkamp, ​​R., Meijer, A., Chu, DK, & Mulders, DG (2020).
Tespîtkirina koronavirusê ya nû ya 2019 (2019-nCoV) ji hêla RT-PCR-ya rast-ê ve.Eurosurveillance, 25(3), li ser heye:.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6988269/

Orjînal: https://doi.org/10.1101/2020.04.15.20065995


Dema şandinê: Avrêl-18-2020