Sendwòm respiratwa grav grav ke yo rekonèt kòm maladi COVID-19 - akòz viris SARS-CoV-2 - yo rekonèt gaye atravè ti gout respiratwa ak kontak sere.[1]Fado COVID-19 la te trè grav nan Lombard ak Po Valley (Nò Itali),[2] yon zòn ki karakterize pa gwo konsantrasyon nan patikil, ki deja konnen yo pwodui efè negatif sou sante moun.[3]Chif rejyonal ki disponib pou Itali nan dat 12 avril montre ke apeprè 30% nan moun ki pozitif kounye a toujou ap viv nan Lombard (apeprè 40% si nou konsidere ka yo an jeneral konfime depi nan konmansman an nan epidemi an), ki te swiv pa Emilia Romagna (13.5%). , Piedmont (10.5%), ak Veneto (10%).[2]Kat rejyon sa yo nan Po Valley konte pou 80% nan lanmò total anrejistre nan peyi Itali ak 65% nan admisyon nan Inite Swen Entansif.[2]
Yon rechèch ki te fèt pa Harvard School of Public Health sanble konfime yon asosyasyon ant ogmantasyon nan konsantrasyon PM ak to mòtalite akòz COVID-19 nan peyi Etazini[4] Nan kominikasyon anvan yo, nou te ipotèz posiblite pou SARS-CoV-2. viris ka prezan sou matyè patikil (PM) pandan enfeksyon an gaye,[5,6] toujou ak prèv deja
disponib pou lòt viris yo.[7-15] Sepandan, pwoblèm nan mikwòb ki asosye ak PM nan lè a, espesyalman nan anviwònman iben, rete lajman anba envestigasyon, [16] epi - kounye a - pèsonn pa te toujou fè etid eksperimantal ki vize espesyalman. nan konfime oswa eskli prezans SARS-CoV-2 sou PM.
Isit la, nou prezante premye rezilta analiz yo ke nou te fè sou 34 echantiyon PM10 nan PM10 deyò/ayeryen ki soti nan yon sit endistriyèl nan pwovens Bergamo, kolekte ak de echantiyon lè diferan sou yon peryòd kontinyèl 3 semèn, soti nan 21 fevriye jiska mas. 13yèm.
Apre metodoloji ki dekri pa Pan et al.an 2019 (pou koleksyon, gwosè patikil ak deteksyon viris ayeryèn), [17] echantiyon PM yo te kolekte sou filtè fib kwatz lè l sèvi avèk yon echantiyon lè gravimetrik ki ba volim (38.3 l / min pou 23 èdtan), ki konfòme ak metòd referans EN12341. :2014 pou siveyans PM10.Matyè patikil te bloke sou filtè ak 99.9% tipikretansyon aerosol, byen estoke ak lage nan laboratwa a nan Aplike ak Comparative Genomics nan Trieste University.Etandone nati "anviwònman" echantiyon an, sipozeman rich nan inibitè ADN polymerases, nou te kontinye fè ekstraksyon RNA lè nou itilize twous mikwòb nan tè fekal Quick RNA ki adapte ak kalite filtè yo.[18]Mwatye filtè te woule, ak bò anwo a fè fas a anndan,nan yon tib polypropylène 5 ml, ansanm ak pèl yo bay nan twous la.Soti nan 1 ml inisyal lysisbuffer, nou te kapab jwenn apeprè 400 ul nan solisyon, ki te Lè sa a, trete jan sa defini nan pwotokòl estanda yo, sa ki lakòz yon eluate final nan 15 ul.Apre sa, yo te itilize 5 ul pou tès SARS-CoV-2.Bay orijin patikilye echantiyon an, yo te itilize qScript XLT 1-Step RT-qPCR ToughMix la.[19]Sistèm anplifikasyon yo se sa yo ki nan pwotokòl la devlope pa Corman et al, ki te pibliye sou sit entènèt la OMS [20].
Tès la te vize klèman pou konfime oswa ekskli prezans SARS-CoV-2 RNA sou matyè patikil.Premye analiz la te itilize "Jèn E" kòm yon makè molekilè epi li te pwodwi yon rezilta pozitif enpresyonan sou 15 sou 16 filtè menm si, jan nou ta ka espere, Ct la te ant 36-38 sik.
Apre sa, nou te repwodui analiz la sou 6 nan filtè pozitif yo (deja pozitif nan "Jèn E") lè nou itilize "Jèn RtDR" kòm yon makè molekilè - ki trè espesifik pou SARS-CoV-2 - rive jwenn 5 rezilta enpòtan. nan pozitivite;tès kontwòl pou eskli fo pozitivite yo te fèt tou avèk siksè (figi 1).
Pou evite kouri soti nan materyèl la echantiyon ra ki disponib, rès RNAs ekstrè yo te lage nan Lopital Inivèsite lokal la (youn nan sant klinik yo otorize pa Gouvènman Italyen an pou tès dyagnostik SARS-CoV-2), yo nan lòd yo fè yon dezyèm fwa. tès avèg paralèl.Dezyèm laboratwa klinik sa a te teste 34 ekstraksyon RNA pou jèn E, N ak RdRP, ki te rapòte 7 rezilta pozitif pou omwen youn nan twa jèn makè yo, ak pozitivite separeman konfime pou tout twa makè yo (Fig. 2).Akòz nati echantiyon an, epi konsidere ke echantiyon an pa te fèt pou rezon dyagnostik klinik men pou tès polisyon nan anviwònman an (pran an kont tou ke filtè yo te estoke pou omwen kat semèn anvan yo te sibi analiz jenetik molekilè, kòmyon konsekans fèmen Italyen an), nou ka konfime yo te demontre rezonab prezans SARS-CoV-2 RNA viral lè nou detekte "jèn RtDR" trè espesifik sou 8 filtè.Sepandan, akòz mank de materyèl adisyonèl nan filtè yo, nou pa t 'kapab repete ase kantite tès yo montre pozitivite pou tout 3 makè molekilè yo ansanm.
Sa a se premye prèv preliminè ki montre SARS-CoV-2 RNA ka prezan sou matyè patikil deyò, kidonk sijere ke, nan kondisyon estabilite atmosferik ak konsantrasyon segondè nan PM, SARS-CoV-2 ta ka kreye grap ak PM deyò epi - pa diminye koyefisyan difizyon yo - amelyore pèsistans viris la nan atmosfè a.Plis konfimasyon preliminè sa aprèv yo ap kontinye, epi yo ta dwe gen ladan evalyasyon an tan reyèl sou vitalite SARS-CoV-2 a ansanm ak virulans li lè yo adsorbe sou matyè patikil.Kounye a, pa gen okenn sipozisyon ka fè konsènan korelasyon ki genyen ant prezans viris la sou pwogresyon PM ak epidemi COVID-19.Lòt pwoblèm yo dwe adrese espesyalman se konsantrasyon mwayèn PM evantyèlmanobligatwa pou yon potansyèl "efè ranfòsman" nan kontajyon an (nan ka yo konfime ke PM ta ka aji kòm yon "pòtè" pou nwayo gout viral yo), oswa menm posiblite teyorik pou vaksinasyon konsekan ekspoze dòz minimòm nan papòt ki pi ba nan PM. .
Fig.1 Koub anplifikasyon nan E (A) ak jèn RdRP (B): liy vèt reprezante filtè teste;kwa liyreprezante ekstraksyon filtè referans;liy wouj reprezante anplifikasyon echantiyon pozitif yo.
Fig.2.Rezilta pozitif (ki make ak X) pou jèn E, N ak RdRP yo jwenn pou tout echantiyon 34 PM10 lafiltè yo teste nan dezyèm analiz paralèl yo.
Leonardo Setti1, Fabrizio Passarini2, Gianluigi De Gennaro3, Pierluigi Barbieri4, Maria Grazia Perrone5, Massimo Borelli6, Jolanda Palmisani3, Alessia Di Gilio3, Valentina Torboli6, Alberto Pallavicini6, Maurizio Ruscio7, Prisco Piscitelli8, Alessandro Miani8,9
1. Depatman Chimi Endistriyèl, University of Bologna, Viale del Risorgimento – 4, I-40136, Bolòy, Itali
e-mail: leonardo.setti@unibo.it
2. Sant entèdepatmantal pou rechèch endistriyèl "Sous renouvlab, anviwònman, kwasans ble, enèji",
University of Bologna, Rimini, Italy e-mail: fabrizio.passarini@unibo.it
3. Depatman Biyoloji, Inivèsite "Aldo Moro" nan Bari, Bari, Itali
e-mail: gianluigi.degennaro@uniba.it; alessia.digilio@uniba.it; jolanda.palmisani@uniba.it
4. Depatman Syans Chimik ak Famasetik, University of Trieste, Trieste, Itali
e-mail: barbierp@units.it
5. Environmental Research Division, TCR TECORA, Milan, Itali
e-mail: mariagrazia.perrone@tcrtecora.com
6. Depatman Syans Lavi - University of Trieste, Trieste, Itali
e-mail: borelli@units.it; torboli@units.it; pallavic@units.it
7. Divizyon Medsin Laboratwa, Lopital Inivèsite Giuliano Isontina (ASU GI), Trieste, Itali
email: maurizio.ruscio@asugi.sanita.fvg.it
8. Sosyete Italyen Medsin Anviwònman (SIMA), Milan, Itali
e-mail: priscofreedom@hotmail.com; alessandro.miani@unimi.it
9. Depatman Syans anviwònman ak Poicy, Inivèsite Milan, Milan, Itali
e-mail: priscofreedom@hotmail.com; alessandro.miani@unimi.it
Otè korespondan:
Leonardo Setti, Department of Industrial Chemistry, University of Bologna Viale del Risorgimento 4, 40136, Bologna, Italy; e-mail: leonardo.setti@unibo.it
Referans
1. Òganizasyon Mondyal Lasante, Mòd transmisyon viris ki lakòz COVID-19: enplikasyon pou rekòmandasyon prekosyon IPC, Brèf syantifik;disponib nan: https://www.who.int/newsroom/commentaries/detail/modes-of-transmission-of-virus-causing-covid-19-implications-for-ipcprecaution-recommendations (29 mas 2020)
2. Ministè Sante Italyen, bilten chak jou epidemi Covid-19 nan peyi Itali, ki disponib nan http://www.salute.gov.it/imgs/C_17_notizie_4451_0_file.pdf
3. EEA, Ajans Anviwònman Ewopeyen an, Kalite lè an Ewòp 2019 Rapò;Non 10/2019;Ajans Ewopeyen Anviwònman: Copenhagen, Denmark, disponib nan: https://www.eea.europa.eu/publications/airquality-in-europe-2019
4. Xiao Wu, Rachel C. Nethery, M. Benjamin Sabath, Danielle Braun, Francesca Dominici, Ekspozisyon nan polisyon nan lè a ak mòtalite COVID-19 nan Etazini, ki disponib nan: https://projects.iq.harvard.edu/ files/covid-pm/files/pm_and_covid_mortality.pdf
5. Sosyete Italyen Medsin Anviwònman (SIMA), Pozisyon Papye Patikil ak COVID-19,
disponib nan: http://www.simaonlus.it/wpsima/wp-content/uploads/2020/03/COVID_19_positionpaper_ENG.pdf
6. Setti L., Passarini F., De Gennaro G., Barbieri P., Perrone MG, Piazzalunga A., Borelli M., Palmisani J., Di Gilio A, Piscitelli P, Miani A., Èske gen yon wòl Plausible pou matyè patikil nan pwopagasyon COVID-19 nan nò peyi Itali?, BMJ Rapid Responses, 8 avril 2020, disponib nan: https://www.bmj.com/content/368/bmj.m1103/rapid-responses
7. Sedlmaier, N., Hoppenheidt, K., Krist, H., Lehmann, S., Lang, H., Buttner, M. Jenerasyon viris grip avyè (AIV) ki kontamine matyè fekal amann patikil (PM2.5): deteksyon genòm ak enfeksyon ak kalkil imisyon.Mikwobyoloji Veterinè.139, 156-164 (2009)
8. Zhao, Y., Richardson, B., Takle, E., Chai, L., Schmitt, D., Win, H. Transmisyon ayeryèn ka jwe yon wòl nan pwopagasyon epidemi grip avyè ki trè patojèn 2015 la. Etazini.Sci Rep. 9, 11755. https://doi.org/10.1038/s41598-019-47788-z (2019)
9. Ma, Y., Zhou, J., Yang, S., Zhao, Y., Zheng, X. Evalyasyon pou enpak evènman pousyè sou ensidans lawoujòl nan lwès Lachin.Anviwònman atmosferik.157, 1-9 (2017)
10. Sorensen, JH, Mackay, DKJ, Jensen, C. Ø., Donaldson, AI Yon modèl entegre pou predi pwopagasyon atmosferik viris epidemiòl epidemi.Enfekte, 124, 577–590 (2000)
11. Glostera, J., Alexandersen, S. New Directions: Airborne Transmission of Foot-and-Mouth Disease Virus Atmospheric Environment, 38 (3), 503-505 (2004)
12. Reche, I., D'Orta, G., Mladenov, N., Winget, DM, Suttle, CA Pousantaj depo viris ak bakteri anlè kouch fwontyè atmosferik la.Jounal ISME.12, 1154-1162 (2018)
13. Qin, N., Liang, P., Wu, C., Wang, G., Xu, Q., Xiong, X., Wang, T., Zolfo, M., Segata, N., Qin, H. ., Knight, R., Gilbert, JA, Zhu, TF Sondaj Longitudinal nan mikrobyom ki asosye ak matyè patikil nan yon megavil.Biyoloji genòm.21, 55 (2020)
14. Zhao, Y., Richardson, B., Takle, E., Chai, L., Schmitt, D., Win, H. Transmisyon Airborne ka gen
te jwe yon wòl nan pwopagasyon 2015 epidemi grip avyè trè patojèn nan peyi Etazini.Sci
Rep. 9, 11755. https://doi.org/10.1038/s41598-019-47788-z (2019)
15. Ma, Y., Zhou, J., Yang, S., Zhao, Y., Zheng, X. Evalyasyon pou enpak evènman pousyè sou ensidans lawoujòl nan lwès Lachin.Anviwònman atmosferik.157, 1-9 (2017)
16. Jiang, W., Laing, P., Wang, B., Fang, J., Lang, J., Tian, G., Jiang, J., Zhu, TF Optimize ekstraksyon ADN ak sekans metagenomik nan kominote mikwòb ayeryèn. .Nat.Pwotok.10, 768-779 (2015)
17. Pan, M., Lednicky, JA, Wu, C.-Y., Koleksyon, gwosè patikil ak deteksyon viris ayeryèn.Journal of Applied Microbiology, 127, 1596-1611 (2019)
18. Zymoresearch Ldt, deskripsyon pwodwi, disponib nan: https://www.zymoresearch.com/products/quick-rnafecal-soil-microbe microprep-kit
19. Quantabio Ltd, deskripsyon pwodwi a, ki disponib nan: https://www.quantabio.com/qscript-xlt-1-steprt-qpcr-toughmix
20. Corman, VM, Landt, O., Kaiser, M., Molenkamp, R., Meijer, A., Chu, DK, & Mulders, DG (2020).
Deteksyon nouvo coronavirus 2019 (2019-nCoV) pa RT-PCR an tan reyèl.Eurosurveillance, 25(3), disponib nan:.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6988269/
Orijinal: https://doi.org/10.1101/2020.04.15.20065995
Tan poste: Apr-18-2020